Als Werkmeister hatte Johannes von Gmünd die Aufgabe den Bau zu koordinieren. Er hat den Bau geplant, darüber entscheiden wie der Bau ausgeführt wird, wer wo an was arbeitete, etc. Man kann aus heutiger Sicht sagen, dass er der Architekt und Bauleiter der Baustelle war. Über Johannes von Gmünd standen der Münsterschaffner und die Münsterpfleger. Der Münsterschaffner war ein Geistlicher, der für die Leitung der Technik und der Kunst zuständig war, indem er die Rechnungsbücher führte. Neben dem Münsterschaffner gab es meistens noch drei Münsterpfleger. Die Münsterpfleger wurden von dem Stadtrat gewählt. Meistens war jeweils ein Münsterpfleger aus dem Klerus, dem Adel und aus einer Zunft vertreten. Diese waren für die Finanzierung des Münsterbaus verantwortlich. Nach den Vertretern dieser Ämter kam in der Rangfolge Johannes von Gmünd, als Werkmeister, und die Steinmetzten, die die Figuren erstellten. Unter ihnen gesellten sich dann die Laubwerkmacher in der Reihenfolge. Ganz unten im Rang standen die Steinmetze, in deren Zuständigkeitsbereich die Herstellung von Quadraten und Profilsteinen, die aus den Steinbrüchen kamen, fielen. 

Der Beruf als Werkmeister war sehr gut bezahlt, genauso wie die anderen Tätigkeiten, die auf den Münsterbaustellen vergeben wurden. Die Steinmetzte hatten festgeregelte Arbeitszeiten, die saisonal abhängig waren. Im Winter waren die Arbeitstage aufgrund des späteren Sonnenaufgangs und des früheren Sonnenuntergangs kürzer als im Sommer. 

Die Handwerker arbeiteten normalerweise sechs Tage die Woche von Montag bis Samstag. An Feiertagen mussten die Handwerker nicht, bzw. kürzer arbeiten. Sie bekamen ein geregeltes gutes Einkommen und durften alle zwei Wochen früher Feierabend machen, um in ein Badehaus zu gehen. 

Das Gehalt von Johannes von Gmünd wurde von den Freiburger Bürgern finanziert. Der Bau des Freiburger Münster wurde zu der Zeit von seinen Bürgern und nicht von den Herrschern der Stadt finanziell ermöglicht. Zur Finanzierung wurde zum einen Geldsammlungen von Haus zu Haus durchgeführt. Zum anderen wurden die Geldstrafen von Kriminellen für den Münsterbau verwendet. Natürlich haben auch wohlhabende Bürger Geld für den Münsterbau gestiftet. Die verschiedenen Freiburger Zünfte haben sich ebenfalls bereit erklärt, sich finanziell am Münsterbau zu beteiligen. Dies kann man heute noch an den Fenstern des Münsters sehen. Jede Zunft, die ein Fenster gespendet hat, durfte ihr Zunftwappen mit in das Glas gießen lassen.

Die Freiburger Bürger konnten es sich leisten, ein so teures und langwieriges Projekt bauen zu lassen. Durch das Silbervorkommen im Schwarzwald hatte die Stadt und ihre Bürger viel Geld. Und sie hatten sogar eine eigene Währung, der Freiburger Rappen. Dadurch wurde Freiburg zu einem wichtigen Warenumschlagsplatz. Der Bergbau boomte in Freiburg bis ins 14. Jahrhundert. Gegen Ende des 14. Jahrhundert sah es finanziell jedoch nicht mehr so gut aus. Die Freiburger kauften sich von ihrem Stadtherren, dem Grafen Eugino von Freiburg, frei und unterstellten sie sich dem Hause der Habsburger. Für ihre „Freiheit“ mussten die Freiburger sehr viel Geld bezahlen. Und für ihre neuen Schutzherren mussten die reichsten Freiburger sogar in den Krieg gegen die Schweizer ziehen. Während der Schlacht in von Sempach 1386 starben viele wohlhabenden Bürger der Stadt gestorben. Zusätzlich verlor Freiburg durch die Pest viele Bewohne. Aufgrund dieser Schwierigkeiten kam es vermutlich 1370/80 zur Einstellung des Chorbaus. Ungefähr hundert Jahre später, 1471, wurden die Arbeiten am Chor wieder aufgenommen. Werkmeister wurde zu dieser Zeit Hans Niesenberger. 

In Freiburg waren, wie auf anderen Kirchenbauten in Europa, nicht nur heimische Handwerker tätig. Viele kamen anfangs aus dem französischen Burgund. Dann gab es in Freiburg auch Werkleute, die vom Bau des Straßburger Münsters kamen. Die Werkleute aus Straßburg kamen oft vom Kirchenbau aus Reims. Die unterschiedlichen Herkünfte der Arbeiter spiegelte sich auch im Baustil des Freiburger Münsters wider. In jeder Region arbeitete man unterschiedlich, hatte etwas andere Techniken und das brachten die Handwerker an ihre nächste Baustelle mit. Auf der Münsterbaustelle in Freiburg sprach man oftmals „Welsch“, da viele Werkleute „Welsche“ waren. „Welsche“ sind Menschen, die von woanders herkommen. Im Freiburger Fall waren es wahrscheinlich Franzosen, die als „Welsche“ bezeichnet wurden. Sprachbeispiele für das „welsche“ sind: „Du bist oblischiert!“ oder „Du bist bedankt“. 

Um den Bau des Münsters gewährleisten zu können, brauchte man viele Steine, die man an die Münsterbaustelle bringen musste. In Freiburg verwendete man Sandstein. Den Sandstein gewann man aus Steinbrüchen in der Region. Dies hatte den Vorteil, dass man kurze Transportwege hatte, da der Transport der Steine mühselig war. Zu Beginn des Münsterbaus kam der Stein vom Schlierberg (heutiger Lorettoberg). Diesen Stein kann man heute noch in dem romanisch gebauten Teil des Münsters sehen. Der Stein ist durch seine rote und gelbe Farbe gekennzeichnet. Der Stein für den Chorbau zu Zeiten von Johannes von Gmünd kam aus den Steinbrüchen in Tennenbach in der Vorbergzone bei Emmendingen. Am Steinbruch wurden die Steine grob zugeschlagen, sodass man sie besser stapeln konnte, um den Transport zu vereinfachen. Durch das Zuschlagen in grobe rechteckige oder auch zylinderförmige Blöcke, konnte unnötiges Gewicht vermieden werden. Der Transportweg zu der Baustelle war schwierig, da es noch keine asphaltierten Straßen gab, auf denen man einen schwer beladenen Karren mit Steinen ziehen konnte. Die Wege waren oftmals holprig und nicht fest. Der Transport der Steine konnte nur getätigt werden, wenn der Weg nicht nass war, weil die Karren sonst einsinken konnten. Sobald der Stein an der Baustelle angelangte, wurde er dort von Steinmetzen weiterverarbeitet. Die Steinmetze setzten die Vorgaben ihres Werkmeisters um. 

Die Ausbildung zum Steinmetz und zum Werkmeister war dieselbe.  Als Werkmeister muss man nach der Grundausbildung zum Steinmetz noch eine weitere zweijährige Ausbildung durchlaufen. Die Grundausbildung als Steinmetz dauert vier bis fünf Jahre. Je nachdem, an welcher mitteleuropäischen Baustelle man seine Ausbildung machte. Man durfte die Ausbildung mit Vollendung des 14. Lebensjahrs beginnen. In der Ausbildung lernte man die handwerklichen Fähigkeiten. Diese Fähigkeiten wurden dann in einer einjährigen Wanderschaft als Geselle vertieft. Wenn man danach noch die zweijährige Meisterausbildung machte, lernte man von einem Baumeister die Technik des Zeichnens und Entwerfens von Bauteilen und Bauwerken. 

Bevor ein neues Bauwerk oder ein neuer Bauabschnitt gebaut wurde, musste der Werkmeister seine Ideen in einem Plan festhalten. Der Werkmeister hatte nicht die technischen Kenntnisse über Statik, wie wir sie heute haben. Gebaut wurde damals nur durch Erfahrung, die die Werkmeister teilweise selbstgemacht hatten oder die mündlich und schriftlich überliefert wurden. Dieser Plan wurde dann dem Auftraggeber vorgelegt. Der Auftraggeber entschied über die Auftragsvergabe. In Freiburg entschieden die Münsterpfleger, wer den Auftrag bekam. Die Münsterpfleger waren die städtischen Beauftragten für die Verwaltung des Freiburger Münsters, weshalb sie sich auch um die Finanzierung kümmerten. Bei den Werkmeistern lag nur die Verantwortung für die Steinkonstruktion. Die Zimmermänner übernahmen die Planung von allem was mit Holz zu tun hatte, wie z.B. den Dachstuhl oder auch das hölzerne Gerüst. 

 In Freiburg wie auch in ganz Europa wurden Kathedralen und Kirchen über mehrere Jahrhunderte gebaut. Dadurch musste jeder Werkmeister auf das aufbauen, was seine Vorgänger ihm hinterließen. Eine besondere Schwierigkeit dabei war, dass sie nicht immer wussten, wie ihre Vorgänger den jeweiligen Bauabschnitt konstruiert hatten.  

In der Zeit des Mittelalters war es üblich, dass Werkmeister an mehreren Kirchen gleichzeitig gearbeitet haben. Später wurde dies nicht mehr von den Auftraggebern erlaubt. Denn es herrschte einerseits eine große Konkurrenz unter den Städten, weil viele ihre Kathedralen fertig stellen wollten, andererseits gab es sehr viele Werkmeister, die sich um die großen und angesehenen Arbeiten stritten. Im 14. Jahrhundert orientierten sich viele Werkmeister an dem Chorbau des Veitsdoms in Prag. Trotzdem gab es eine große formale Vielfalt der Bauten. Dies zeigen die unterschiedlichen Grundrisse, Aufschnitte oder auch die Querschnitte der einzelnen Bauten. Der Chor in Prag ist auf Peter Parler, dem Bruder von Johannes von Gmünd, zurückzuführen. 

Johannes von Gmünd gestaltete in Freiburg einen etwas anderen Chor. Er schaffte dies indem er unterschiedliche Konzepte von unterschiedlichen Chorbauten zusammenfügte und eine neue Verbindung der einzelnen Konzepte erstellte. So wurden im Sanktuarium die Pfeiler so gestellt, dass es an eine Kapelle mit Hallenchor erinnert. Gleichzeitig stehen die fünfeckigen Kapellen und das zickzackförmige Äußere des Chors für einen basilikalen Umgangschor. Er konstruierte gleichförmige Kapellen um den ganzen Chor. Dadurch entstanden eine Regelmäßigkeit und Gleichförmigkeit. Charakteristisch für den Bau des Freiburger Chors ist auch, dass nicht unterschiedlich große Kapellen, konstruiert wurden. Vermutet wird, dass das Ziel des Chorbaus war, möglichst gleichgroße Kapellen für den Adel zu konstruieren, da die Patrizierfamilien als gleichwertige Förderer im Münster gesehen werden wollten. Außerdem wurden die Kapellen im Umgangschor nicht wie normalerweise üblich geplant. Die Kapellen der Apsis und des Langchors wurden in Freiburg mit je zwei Fenstern pro Kapelle geplant. Oftmals wurden die Kapellen der Apsis mit drei Fenstern und die des Langchors mit je einem Fenster ausgestattet. Ein besonders harmonisches Teilungsverhältnis gelang Johannes von Gmünd dadurch, dass er im Osten des Sanktuariums zwei Pfeiler aufstellte, die zusammen mit einem Kranz von sechs Kapellen die Apsis umschließen. Dadurch musste man im Chor jedoch auf eine Kapelle im Scheitel verzichten, was eine ungewöhnliche Lösung war. Bis zur Bauunterbrechung im Jahr 1370-80 wurde der Chor nicht fertiggestellt. Der Kapellkranz konnte nur bis auf die halbe Höhe gebaut werden. Die Außenwand der Sakristei und das Nord- und Südportal wurden fertiggestellt. Auf dieser Grundlage wurde bei der Wiederaufnahme des Chorbaus weitergebaut. Hans Niesenberger plante und führte den Bau eines Gewölbes, welches parallel verlaufende Rippen hatte, durch. Man kann davon ausgehen, dass dieses Gewölbe in der Zeit von Johannes von Gmünd nicht geplant war. Für ein Gewölbe, wie es bei der Wiederaufnahme des Baus konstruiert wurde, benötigt man als Grundlage Pfeiler, die mit gleichem Abstand zueinanderstehen. Diese Grundlage wurde in der ersten Bauphase des Münsterchors nicht geschaffen, daher kann man heute Unregelmäßigkeit erkennen.   

Auf der Nordseite des Münsterchors befindet sich das Schöpferportal. Darin kann man ebenfalls eine kleine Unregelmäßigkeit erkennen, die entstanden ist, weil am Münster über mehrere Jahrhunderte hinweg gearbeitet wurde. Das Schöpfungsportal stammt aus der Zeit des Chorbaus in der auch Johannes von Gmünd am Freiburger Münster tätig war. Über dem Eingang des Portals sind mehrere Figuren arrangiert. Diese wirken in Zusammenspiel lebendig und heben sich von dem Baldachin, auf dem sie stehen, deutlich ab. Die Figuren sind um die Grundsteinlegung des Chors entstanden. Ein Beweis dafür ist, dass die Figuren aussehen, als ob man sie aus Ton modelliert hätte. Wenn man die Figuren genauer betrachtet, kann man sehen, dass die oberen fünf Figuren etwas härter und etwas starrer wirken. Diesen fünf Figuren sieht man an, dass sie aus Stein gemeißelt wurden. Für diese fünf Figuren wurde ein anderer Stein verwendet als für die Figuren aus der Zeit der Chorgrundsteinlegung. Daher wurden diese fünf Figuren vermutlich nicht für das Schöpfungsportal konstruiert, sondern für ein anderes Portal und haben nur einen neuen Verwendungsort im Schöpfungsportal gefunden. Die Technik, die hier verwendet wurde, stammt auch aus dem späten 13. Jahrhundert oder frühen 14.Jahrhundert. Das Chorportal hat noch anderer Ungewöhnlichkeiten zu bieten. Man kann in der Spitze des Tympanons den Engelsturz sehen. In dem Rest der Figuren kann man die Schöpfungsgeschichte erkennen. Diese fängt an der Spitze an. Hier wird die Trennung von Licht und Dunkelheit dargestellt. Die Geschichte verläuft dann zickzackmäßig weiter bis zu der Erschaffung des Menschen, bzw. Adams. Daran anschließend kann man dann Genesis 2-4 erkennen. Einzigartig ist an diesem Portal, dass man den Engelsturz mit dem Sündenfall von Adam und Eva verbindet. Man kannte das aus Büchern, die Mitte des 14. Jahrhunderts im Oberrheingebiet verbreitet waren. Eine weitere Besonderheit des Portals ist, dass sich auch an der Innenseite ein gestaltetes Tympanon befindet. Dieses ist anders als das äußere. Auf ihm sieht man einen Teil der Passion. Es ist sehr selten, dass bei einem gotischen Kirchenbau das innere Tympanon bearbeitet ist. Wenige Kirchenbauten verfügen über diese Besonderheit. Eine die das hatte ist die Kathedrale von Reims. Von dort stammten viele Steinmetze, die am Freiburger Münster mitgearbeitet haben. Diese Besonderheiten am Schöpfungsportal könnten darauf hinweisen, dass Johannes von Gmünd auch als Bildhauer aktiv war und nicht nur als Werkmeister, der den Bau konstruiert hat. Das Nordportal ist außergewöhnlich und zeigt die Bereitschaft etwas Neues auszuprobieren und zu erschaffen. Es gibt jedoch keinerlei sonstige Anhaltspunkte oder Quellen, die besagen, dass Johannes von Gmünd auch bildhauerischen Tätigkeiten nachging. 

Die Unzufriedenheit der Freiburger gegenüber ihrem Stadtherren Eugino von Freiburgreicht zurück bis zum Aussterben der Zähringer. Schon damals im Jahr 1218 trauten die Freiburger dem Geschlecht von Urach nicht. Dieses Misstrauen und die Unzufriedenheit zogen sich bis zum Verkauf der Stadt an die Habsburger durch. Ab diesem Zeitpunkt standen die Freiburger unter dem Schutz der Habsburger. Diese unterstützten die Freiburger finanziell, um sich von Eugino freizukaufen. Die Summe der Habsburger war jedoch nicht nennenswert, den größten Teil mussten die Freiburger selbst zahlen. 

Ende des 13. Jahrhunderts haben die Zünfte durch eine neue Stadtverfassung mehr Mitsprache in den städtischen Geschehen erlangt. Nach der Schlacht von Sempach im Jahr 1386 ist fast der gesamte Breisgauer Adel getötet worden, weshalb die Zünfte in der Stadt nun die Macht übernahmen. Die Zünfte der Stadt bekamen im 14. Jahrhundert immer mehr Mitspracherecht in Freiburg.

1377 schließt sich Freiburg mit anderen Münzstädten zusammen und gründen gemeinsam den Rappenmünzbund. Dadurch gab es im Oberrheingebiet ein einheitliches Münzsystem, den Rappenpfennig.

Die Pest herrschte über das ganze Jahrhundert in Freiburg. Die Pest kam über China nach Italien, von dort aus über die Hanseaten in das Heilige Römische Reich. Über die Hansestädte gelangte sie dann über innerdeutsche Handelswege bis nach Freiburg.  Die Menschen nahmen die Pest als Strafe Gottes wahr und versuchten die Pest mit Heilmitteln, die ihnen zu Verfügung standen, zu bekämpfen. Es gelang ihnen jedoch nicht ein geeignetes Heilmittel zu finden. Die Menschen versuchten mit der Pest zu leben, obwohl sie viele Menschen an die Krankheit verloren. Dennoch bauten die Freiburger auch weiterhin an ihrem Münster. Dies gelang ihnen bis ins Jahr 1370. Freiburg hatte zu viel Geld und zu viele Menschen an die Pest und in der Schlacht von Sempach verloren, weshalb der Münsterbau für circa 100 Jahre eingestellt wurde.